누구나 이용할 수 있는 COVID-19 공개 연구 데이터 세트 (CORD-19)

코로나 바이러스 관련 전 세계인 모두가 싸우고 있습니다.

관련 어제 현지 월요일 (3월 16일)자로 학계, 머신러닝 관련, 또는 일반 개발자, 심지어 인문  사회 분야 관련 모든 분들이 코로나 바이러스(COVID-19) 연구를 위해 사용할 수 있는 공신력 있는 구조화된 데이터 세트가 발표되었습니다.

COVID-19 공개 연구 데이터 세트 (CORD-19 ;COVID-19 Open Research Dataset) 라는 것으로 코로나 바이러스와 그와 유사한 사스 등에 관한 24,000 개 이상의 학술 기사를 연구에 사용할 수 있도록 데이터 마이닝과 텍스트 마이닝에 적합하게 구성한 것으로 , 현재까지 나온 가장 광범위한 컴퓨터 판독 가능 코로나 바이러스 문헌 모음입니다.

https://pages.semanticscholar.org/coronavirus-research

이 데이터 구조화는 미 백악관의 주도로 다음의 연구소들이 참여했습니다. *1

이 데이터 셋을 이용하여 여러분도 캐글(kaggle)에서 여러분의 통찰력 있는 기여를 할 수 있습니다. 캐글은 데이터 관련 해결 과제를 제시하면 전 세계 인 누구나 해결 모델을 등록할 수 있는 데이터셋 분석 플랫폼입니다.

캐글의 COVID-19와 관련된 데이터 셋 분석 모델 질문은 다음의 링크에 있습니다.

https://www.kaggle.com/allen-institute-for-ai/CORD-19-research-challenge

질문들은 바이러스의 배양, 치료, 증상 및 예방과 관련된 것으로 세계 보건기구 (WHO)와 기타 주요 전문 기관이 협력하여 개발되었습니다. *2

Kaggle의 질문들은 다음과 같습니다.

– 전염, 배양 및 환경 안정성에 대해 알려진 것은 무엇입니까?
– COVID-19 위험 요소에 대해 무엇을 알고 있습니까?
-바이러스 유전학, 기원 및 진화에 대해 무엇을 알고 있습니까?
– 윤리 및 사회 과학 고려 사항에 대해 발표된 내용은 무엇입니까?
– 비 제약적 중재에 대해 무엇을 알고 있습니까?
– 백신과 치료법에 대해 무엇을 알고 있습니까?
– 진단 및 감시에 대해 무엇을 알고 있습니까?
– 의료에 관한 내용은 무엇입니까?
– 정보 공유 및 부문 간 협력에 관한 내용은 무엇입니까?

이런 질문에 누구나 참여할 수 있고, 참가자들은 이 문제들에 대해 다음과 같이 풉니다.

예를 들어 ” Does latitude impact the spread of COVID-19 (위도가 코로나 바이러스 전파에 영향을 미치는지에 대해)”라는 질문입니다.

https://www.kaggle.com/paultimothymooney/does-latitude-impact-the-spread-of-covid-19

그리고 참가자는 주어진 데이터 셋을 통한 분석을 통해 다음과 같이 관계가 있다는 연구결과를 도출합니다.

결론 : abs (30)와 abs (45) 사이에 감염률과 사망률이 가장 높은 위도 범위가있는 것으로 보입니다. 이는 전 세계 데이터에서 가장 분명하지만 모든 미국 주에 대해 분류 된 데이터에서도 지원됩니다. (Conclusion: There appears to be a range of latitudes between abs(30) and abs(45) that have the highest infection rates and mortality rates. This is most obvious in the global data but is also supported by the data that is broken down for every USA state.)

 

연구자가 코로나 바이러스 같은 위기에 어떻게 기여 할 수 있을까를 생각할때, 이미 기존의 연구를 이해 할 수 있는 핵심 데이터가 , 특히 머신러닝을 이용해 처리가 가능하게 가공된 데이터가 없으면 시간이 많이 걸립니다. 자료를 모으는 것도 그렇고, 자료를 컴퓨터로 분석할 수 있도록 가공하는 작업도 보통 일이 아니죠. 따라서 공신력 있는 연구기관들이 모여 만든 이 데이터 셋은 전 세계 연구자들에게 유용한 도움이 될 것입니다. 부디  전 세계의 많은 분들이 참여하여 코로나19를 이길 수 있게 되는데 힘이 되길 바랍니다.

 

 

*1.  Allen Institute for AI, Microsoft Research, National Institute of Medicine (NLM)  Chan Zuckerberg Initiative, Georgetown University’s Center for Security and Emerging Technology, Microsoft Research , National Library of Medicine (NLM) ,National Institutes of Health (NIH).

*2.National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine’s Standing Committee on Emerging Infectious Diseases , 21st Century Health Threats.

딥러닝을 이용한 머신러닝 코로나 바이러스 치료약 탐지 (렘데시비르)

코로나 바이러스 관련 약을 찾기 위해 인공지능을 이용하는 소스코드로서 깃허브에 공개된 것입니다. 코로나바이러스 치료에 적절한 분자구조를 찾아 기존 승인된 약에서 스크리닝 해본 결과 에볼라 치료제 렘데시비르(remdesivir)가 선택되었는데, 실제로 이 약은 현재 임상 실험에 들어간 약입니다. 누구나 사용할 수 있는 소스 코드며 재사용성과 가독성이 좋으므로 코로나바이러스를 이길 수 있는데 우리 모두 힘을 합치자는 차원에서 소개해 드립니다. https://github.com/mattroconnor/deep_learning_coronavirus_cure

 

Last update on:
Total
Confirmed

Suspicious

Deaths

Recovered

Today
Confirmed Incr

Suspicious Incr

Deaths Incr

Recovered Incr

In Mainland China, Hongkong, Taiwan.

Data source: China National Health Commission

AI를 이용한 코로나 바이러스 잠재적 치료법 연구 관련 최근 몇개월간 연구 자료들

인공지능을 이용하면 우리가 기존의 연구 방법으로 많은 시간을 사용해야만  얻을 수 있는 잠재적인 새로운 치료법을 보다 신속하게 파악할 수 있어 과학자들이 질병과 증상, 약물 및 그 효과, 치료법 발견에 도움이 될 수 있습니다.

머신러닝을 적극활용해서 이 재난을 빨리 극복하길 바랍니다.

관련 최근 몇개월간 인공지능을 이용한 코로나 바이러스 관련 최근 몇개월간 공개된 연구 자료들입니다.

 

  • ‘고해상도 컴퓨터 단층 촬영에서 2019 새로운 코로나 바이러스 폐렴을 탐지하기위한 딥 러닝 기반 모델 : 전향 적 연구(Deep learning-based model for detecting 2019 novel coronavirus pneumonia on high-resolution computed tomography: a prospective study)’

논문:

https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.25.20021568v2

 

  •  ‘약물 타깃 상호작용 딥러닝 모델을 통해 중국 우한의 신종 코로나바이러스 (2019-nCoV)에 작용할 수 있는 시판되는 항바이러스제 예측(Predicting commercially available antiviral drugs that may act on the novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China through a drug-target interaction deep learning model)’

논문:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929547v1

 

  • ‘ 2019-nCoV의 새로운 약물 후보 물질을 만들기 위해 머신러닝 기술을 사용 하는 방법(Machine intelligence design of 2019-nCoV drugs)’

논문:

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927889v1.full.pdf

  • ‘리니어폴드: 5 ‘에서 3’까지의 동적 프로그래밍 및 빔 검색으로 선형 시간 근사 RNA 폴딩(LinearFold: linear-time approximate RNA folding by 5’-to-3’ dynamic programming and beam search)’

논문:

https://arxiv.org/pdf/2001.04020.pdf

RNA 예측 알고리즘 ‘리니어폴드(LinearFold)’ 다운로드

https://github.com/LinearFold/LinearFold